Il existe une différence de moralité entre les samouraïs et les ninjas : les premiers étaient des combattants en armure animés par un code d'honneur strict (le bushido) et souvent dévoués à un clan ou un seigneur, tandis que les ninjas étaient des mercenaires entraînés pour effectuer les sales besognes, comme des assassinats, des vols ou des missions d'espionnage.